Además del balance de muertos, las autoridades indicaron que una persona estaba en estado crítico y unas 170 resultaron heridas por accidentes derivados del tifón.
El fenómeno que tocó tierra causó inundaciones y otros estragos por las lluvias torrenciales y vientos con ráfagas que alcanzan los 220 km/hora.
Es el vigésimo primero de la temporada en Asia y llegó a la prefectura de Tokushima (suroeste), en la isla de Shikoku el martes.
Se espera que atraviese la parte occidental y el centro del país con vientos muy violentos, que podrán alcanzar hasta los 220 km/h en algunos lugares, en un radio muy amplio, según las autoridades.
Con vientos de entre 160 y 190 km/h en la parte central, Jebi entra en la categoría de "muy potente", "el más potente desde 1993", precisó a la AFP Ryuta Kurora, responsable de la agencia nacional meteorológica.
Jebi se desplaza a 45 km/h en dirección norte-noroeste. Tras su paso por la isla de Shikoku atravesará la parte occidental de la isla principal, Honshu.
Se teme asimismo que llegue acompañado de lluvias torrenciales que podrían llevar a evacuar a parte de la población de las zonas afectadas.
Las autoridades recomendaron dirigirse a los refugios a unas 300.000 personas, y al menos 50.000 hogares se quedaron sin electricidad.
Las aerolíneas ya han cancelado más de 500 vuelos por precaución, y se han suspendido muchas conexiones ferroviarias.
Los grandes almacenes de la región de Osaka, en el oeste de Japón, han decidido cerrar sus puertas este martes.
Varias empresas de las zonas que se verán afectadas por el tifón pidieron a sus empleados que se quedaran en casa, y las escuelas hicieron lo mismo con sus alumnos.
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Muchos tifones alcanzan Japón en verano, pero Jebi es especialmente fuerte y podría provocar importantes daños en el país, que en julio sufrió inundaciones y corrimientos de tierra en los que murieron 220 personas.
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