Được thành lập theo chiếu chỉ của hoàng gia Saudi vào năm 1980, tại Jakarta cấp học bổng miễn phí cho các sinh viên nghèo tại quốc gia Hồi giáo lớn nhất thế giới này.
Theo , trường LIPIA tách biệt nam sinh và nữ sinh, đưa ra những quy định nghiêm ngặt về trang phục, ngăn cấm sinh viên nghe nhạc, xem truyền hình, mặc jeans và cười nói lớn tiếng.
Hệ phái Hồi giáo cực đoan tại LIPIA ủng hộ việc tử hình người đồng tính và những kẻ báng bổ Allah, ném đá đến chết các đôi gian phu dâm phụ, và chặt tay kẻ cắp. Chương trình học bao gồm Hồi giáo và luật sharia, được dạy bằng tiếng Ả Rập bởi các giáo thọ người Saudi.Tạp chí tiết lộ rằng LIPIA chính là trung tâm của chiến dịch do Ả Rập Saudi thực hiện nhằm cải đạo người dân Indonesia sang hệ phái Hồi giáo Wahhabi và phong trào Salafi. Hệ phái Wahhabi là một dạng Hồi giáo cực đoan và là chi nhánh của phong trào cực đoan của Hồi giáo Sunni.
Students of Abu Bakar Bashir, alleged spiritual leader of terrorist group Jemaah Islamiah, at the extremist Al Mukmin Islamic school in Indonesia. Source: AP
Đây là một tổ chức tôn giáo mang màu sắc quân sự, chống phương Tây, chống Thiên Chúa giáo và chống dân chủ, mà một trong số những tín đồ là Osama bin Laden. Tất cả sinh viên tại LIPIA đều học các giáo lý của Ibn Tamiyah, một nhà cải cách Hồi giáo sống vào thế kỷ 14, có ảnh hưởng chi phối đối với al-Qaeda và các nhóm thánh chiến khác.
Từ khi mở cửa, trường LIPIA đã đào tạo ra nhiều sinh viên Hồi giáo cực đoan và bạo lực.
Cựu sinh viên Habib Rizieq là người sáng lập tổ chức Mặt trận Bảo vệ Hồi giáo Salafi (FPI), với các thành viên thường xuyên mặc áo chùng trắng và mũ xếp turban, cầm gậy gộc đi đập phá những hộp đêm và nhà hàng có phục vụ rượu bia.
Một cựu sinh viên khác là Jafar Umar Thalib thì thành lập tổ chức Indonesian Salafi Warriors of Jihad, mặc trang phục của Saudi và tham gia chống lại các tín đồ Thiên Chúa Giáo ở đảo Moluccan.
Gia đình các nạn nhân trong vụ đánh bom năm 2002 tại Bali đều không xa lạ gì với chủ nghĩa khủng bố nội sinh tại Indonesia. Chi nhánh của al-Qaeda tại đất nước này, tổ chức Jemaah Islamiah, là chủ mưu vụ đánh bom khiến 202 người thiệt mạng này.
Với 202 triệu dân số theo đạo Hồi trên tổng số 258 triệu dân, Indonesia từng được xem là một xã hội hoà thuận và cởi mở. Thế nhưng chủ nghĩa Hồi giáo cực đoan đang nổi lên những năm gần đây, với sự tài trợ của đất nước Ả Rập Saudi giàu có.
Bên cạnh trường đại học LIPIA, Ả Rập Saudi cũng hỗ trợ tài chính cho hàng chục trường nội trú và xây dựng 150 thánh đường Hồi giáo, trong đó có các cơ sở huấn luyện chiến binh thánh chiến như trường nội trú Hồi giáo Al-Mukmin ở Solo, Java.