墨爾本《時代報》及《雪梨晨鋒報》披露，至少有11間大學，與資助監督孔子學院的中國政府機構簽訂協議。
兩份報章取得的11份協議內容透露，設有孔子學院的各間大學，與中國國家漢語國際推廣領導小組辦公室 「漢辦」(Hanban)，在孔子學院教學上，對中國有不同程度的妥協。
其中昆士蘭大學（University of Queensland）、Griffith University、La Trobe University 及Charles Darwin University的協議條款中明確規定，他們「必須接受（孔子學院）總部（漢辦）對教學質量的審查」。
全球有多間大設有孔子學院，外界擔心敏感的政治議題會遭到審查，並成為中共政治宣傳的平台，又在校園散播影響力。
近日，在校園因支持及反對香港修訂逃犯條例，發生中國學生和香港學生衝突的昆士蘭大學，發言人回應時表示，該協議於2009年首次簽署，並在2014年續簽，今年4月到期。
大學正就新版本進行談判，表示會明確承諾，大學對「與孔子學院及其提供的所有課程和項目有關」的所有內容、標準、招生、考試、人員配置和學術自由實施自治。
又強調，草議的規定協議不會以任何方式限制校內的自主權。
而Griffith University、La Trobe University及Charles Darwin University都分別回應道，孔子學院並不提供正統學術資格，只專注於文化及語言在社區上傳遞；又不涉及大學的管理層，不與任何學術課程有關，對自主和獨立性沒有影響。
來自 Swinburne 科技大學，專門研究中國政治的學者菲茨杰拉德(John Fitzgerald)認為，協議上的條款，有關教學質量評估的部份「並不好看」。
他說：「澳洲大學享有自由及自主，因為一般相信是由校方負責管理，而非受外國政府的干預，任何破壞這信念的都足以影響整個教育界。」
由於協議內容曝光，聯邦教育部長鄧肯警告大學，在引入外國影響力透明度計劃(foreign influence transparency scheme)之後，在學術水平及自主方面，政府會調查孔子學院的安排。
外國影響力透明度計劃，是去年12月引入，旨在為公眾及政府決策者，提供外國對澳洲政府和政治進程影響的性質，程度及影響力。
鄧肯稱星期四 (7月25日)早上曾向大學強調，設有外國機構的大學都要遵守外國影響透明度計劃的重要性。
「我會在8月與大學校長會面，並將此議題放在會議議程。」
他又表示，聯邦律政部長巳要求其部門專門審查所有孔子學院與大學之間的協議，以確保其有遵守外國影響透明度計畫」。
不過報導稱，至目前為止，13所設有孔子學院的大學，並未有向「外國影響透明度計劃」註冊，即未有配合政府所指，其受制於該計劃。
設有孔子學院的13間大學之中，只有皇家墨爾本學院(RMIT)及阿德雷德大學，經兩份報章多次要求，仍未有提供有協議內容，理由是法律公文，以及涉及第三者故必須要保密。
